南阳中医药学校始建于1978年6月，原址在南召县云阳镇，校名为河南省云阳中医中药学校。1992年8月搬迁南阳与原张仲景国医大学合并，更名为南阳中医药学校，实行大专、中专两个层次办学。2000年8月国家中医药管理局命名为重点中医药学校。2006年5月南阳市政府决定委托南阳医学高等专科学校代管。2022年6月南阳市政府决定将办学地址迁至鸭河工区，实行独立招生办学。  

建校44年来，为社会培养中医、中西医结合等医、药、护、技专业学生四万余人，其中数百人考取硕、博研究生，90%以上的学生升入专科、本科学习并毕业，成为各级医疗机构的业务骨干。

目前，学校迁至南阳北郊素有“南阳后花园”之称的鸭河工区，地理位置优越，环境优美，鸟语花香，是莘莘学子读书学习的理想场所。学校建有1500余亩、百余种中草药的药用植物园。暂借用的教学楼、实验楼、学生公寓、餐厅等3万平方米。拥有教授、副教授等专任教师150余人，图书3万余册，科研仪器设备价值500万余元。功能配套，设备齐全，所有教室均配有先进的多媒体教学系统，并在省内外多家医院建有实习基地，为学生临床教学实训、实习提供了有力保证。学校交通便利，周边航空、高铁齐全，将于年底建成通车的鸭河快速通道（双向8车道），只需20分钟即可到达南阳中心城区。  

在鸭河工区职教园区内新征土地1500余亩的新校区，将于今年八月份动工兴建，明年8月可投入使用。三年内将有一所涵盖大专、中专两个层次办学，千亩校园、万人规模的现代化学校，展现在世人面前。   

学校积极实施“人才强校、特色名校、多元办校”的办学方略；“坚持守正创新、传承国医精粹”的办学宗旨；秉承“团结，勤奋，求实，创新”的校训，致力于仲景品牌的培育，先后荣获市、省、国家级数十项荣誉称号，仲景学子得到社会的广泛认可，就业率达到95%以上。